中山大学自贸区综合研究院隶属于中山大学，成立于2015年1月22日，是依托国家高端智库（中山大学粤港澳发展研究院）设立的专业性研究机构，是按照新型高端智库发展要求运作的协同创新平台。2017年9月，中山大学自贸区综合研究院评选确定为广东省重点智库。2018年1月，中山大学自贸区综合研究院评选确定为广东省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心首批调研基地。研究院持续在法治化国际化营商环境建设、投资贸易便利化、服务贸易自由化、国际贸易集成、金融创新、航运中心建设、人才特区打造、社会管理创新、泛珠三角经贸合作、21世纪海上丝绸之路建设等开放型经济体系构建方面开展深化研究，每年编制发布"中国自由贸易试验区制度创新指数"和《中国自由贸易试验区发展蓝皮书》，创办《自贸区决策参考》、举办自贸区高端论坛，为我国新一轮改革开放提供高水平的决策咨询服务。研究院实行理事会领导下的院长负责制。研究院理事长由陈春声教授（中山大学党委书记、粤港澳发展研究院院长）担任，研究院院长由李善民教授（中山大学副校长）担任，研究院副院长由符正平教授（常务副院长）、毛艳华教授、李胜兰教授、黄新飞教授担任。
现因发展需要，研究院面向海内外公开招聘博士后研究人员和专职科研人员2-3名。
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