北京市生态环境监测中心（原北京市环境保护监测中心）成立于1974年，是全国最早成立的专业化的环境监测机构之一，是国家环境监测一级站，隶属于北京市生态环境局，业务上接受中国环境监测总站指导。监测中心的主要职责是负责全市范围内大气、水、噪声、土壤、生态等环境要素的环境质量监测、各类污染源监测、突发污染事故的应急监测。
监测中心占地面积15000平方米，其中监测实验大楼面积9300平方米。拥有先进的监测科研仪器设备，主要包括微脉冲激光雷达、MODIS卫星接受仪、等离子发射光谱－质谱联用仪、X荧光光谱仪、高压液相色谱－质谱联用仪、气相色谱－质谱联用仪、颗粒物粒径分布谱仪、差分吸收光谱分析仪等监测仪器设备。2007年，扩建环境监测中心机房，主要由空气质量自动监测系统、地表水质自动监测系统、声环境质量自动监测系统等多个系统组成，具有数据传输、收集汇总、综合分析、远程监控等先进功能。
监测中心现有17个科室，包括党委办公室、办公室、组织人事科、财务科、总务科、技术质量管理室、综合计划室、信息化室、现场监测室、分析实验室、遥感监测室、自动监测室、大气室（北京市空气质量预报预警中心）、水室、污染源室（统计室）、项目管理室、土壤室。监测中心现有员工179名，其中专业技术人员168人，占职工总人数的93%。
监测中心拥有完善的质量保证体系。1994年，监测中心成为首批通过国家级计量认证的环境专业检测机构，获得国家技术监督局颁发的计量认证合格证书；现具备9大类，218项检测能力。
