中国科学院昆明植物研究所前身是
静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属
中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。
研究所将植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化这五个方面为重点研究领域。
据2015年10月研究所官网显示，该所共有在职职工539人，包括研究员及正高级工程技术人员66人、副研究员及高级工程技术人员110人；研究系统设置 三室一库 ，研究所占地面积5318亩，建有昆明和丽江两个园区。
