学校的前身是广东省1954年创办的海南黎族苗族自治州师范学校和1958年创办的海南黎族苗族自治州师范专科学校；几经分合、调整、更名，于1993年由海南省通什师范专科学校和海南省通什教育学院合并组建为琼州大学（专科）；2006年琼州大学升格为本科院校，更名为琼州学院，同年4月海南民族师范学校并入琼州学院；2009年学校主校区由五指山市搬迁至三亚市；2015年9月，更名为海南热带海洋学院；2018年12月，海南省海洋与渔业科学院转隶归属学校管理。
[1] 截至2021年5月，学校有三亚、五指山两个校区，校园面积1487.1亩，建筑面积53.29万平方米；设有二级学院19个，开办本科专业53个、专科专业5个；有硕士学位授权点3个；有教职工1200余人，其中专任教师810多人；有全日制在校生17700多人，其中硕士研究生197人、与中国海洋大学联合培养硕士研究生88人，本科生14900多人、专科生2800多人，留学生110多人；馆藏纸质图书153.4万册，电子图书153.7万册。
