东南大学仪器科学与工程学院所属学科专业创建于1960年，于1961年开始招收研究生，是东南大学传统优势学科之一。1981年和1984年被国务院学位委员会先后批准设立 精密仪器及机械 和 测试计量技术及仪器 两个硕士学位授予点。1990年被批准设立 精密仪器及机械 博士学位授权点。1992年5月为了适应学科发展需要，精密仪器专业和检测技术及仪器专业从自动控制系分出成立了仪器科学与工程系，2006年9月成立仪器科学与工程学院。

我院的 仪器科学与技术 学科1998年被国务院批准为首批 仪器科学与技术 一级学科博士、硕士学位授予点。本学院现建有3个二级学科博士学位授权点 精密仪器及机械 、 测试计量技术及仪器 、 导航、制导与控制 ，以及 仪器仪表工程 专业硕士学位授权点，并设有 仪器科学与技术 一级学科博士后科研流动站。

学院建有 微惯性仪表与先进导航技术 教育部重点实验室、 远程测控技术 江苏省重点实验室、 土地实地调查监测技术 国土资源部重点实验室、 农业物联网感知与系统控制 江苏省工程实验室；并参与共建 生物电子学 国家重点实验室、 火电机组振动国家工程研究中心 、 智慧建造与运维国家地方联合工程研究中心 。

精密仪器及机械二级学科1994年入选江苏省首批重点学科，2005年入选江苏省 国家重点培育学科 ；2017年3月，仪器科学与工程学院的 信息传感及系统技术 、 导航制导与控制 两个学科入选国防科工局国防特色学科。仪器科学与技术学科先后入选江苏省一级重点学科和江苏省优势学科，目前也是东南大学 双一流 建设重点建设的学科。

本学科的学术水平、科研成果、人才培养在国内同类学科中位于前列。在2016年的教育部组织的全国 仪器科学与技术 一级学科评估中，我院的 仪器科学与技术 学科入选 A- 学科，排名并列全国第四位。在2015年12月江苏省 十二五 一级重点学科验收评估中，我院 仪器科学与技术 学科在江苏省153个参评学科中评为优秀（全省共9个学科验收评估为 优秀 ）。