北京中医药大学国学院于2014年1月成立，是全国高等中医药院校第一家国学院。
国学院以传承、弘扬中医药文化与中华优秀传统文化为使命，凸显与其他国学院所不同的优势和特色。展现中医药文化魅力提升中医药文化软实力，推进中华民族优秀文化的伟大复兴。
目前国学院所属中医药文化学科、医古文与古汉语学科是国家中医药管理局重点学科，中医人文学学科是北京市重点学科。落地在国学院的省部级基地有：北京中医药文化研究基地（北京市哲学社会科学规划办公室）、北京中医药大学＊＊＊中医药研究基地（国务院台办）。挂靠在国学院的校级研究机构有：海峡两岸中医药交流与合作研究所、易学与儒释道医学研究所。
国学院下设教研机构有：中医文化教研室、医古文教研室、国学经典与大学语文教研室、国学教育与传播教研室和美育教研室等。
国学院特聘楼宇烈教授、陈可冀教授、钱超尘教授等为荣誉教授。张其成为国学院首任院长，李良松为国学院院长，李蔓荻为国学院副院长。
国学院立足于以中医药文化为特色的中华优秀传统文化研究，重点开展儒释道与中医学研究、易学与中医学研究、中医典籍与汉语文化研究、中医哲学与中华文明研究。整合国内外专家资源，搭建相关研究高端平台，与国内外有关机构协同创新、合作承担重大项目，在中医药文化与中华传统文化相关研究领域保持国内外领先地位。承担全校国学通识课。加强 中国哲学 、 中医哲学 、 医古文 、 中国传统文化概论 、 国学经典导读 等课程的教育教学，探讨各级各类学生国学教育模式。
开展中医药文化与中华传统文化的科普宣传，扩大中医药文化的社会影响力。开设中医国学讲座、论坛，中医文化、养生文化、佛医、道医、儒医培训班。探索中医文化跨媒体研发，利用多媒体、新媒体的技术，宣传和推广中医药文化与中华文化。
开展中医药文化与中华传统文化的国际传播。积极参与 国家汉办汉语推广中医文化基地 的建设，开展国国际中医文化与中医对外汉语教育。提升中医药文化海外影响力，增强国家文化软实力。
