中国中医科学院中医临床基础医学研究所成立于2006年4月，是在国家科技体制改革的总体要求和部署下，由科技部、财政部、中央编办批准的中国中医科学院下属的社会公益类科研事业单位。
中医临床基础医学研究所的科研服务宗旨是：开展中医临床基础医学研究，促进卫生事业发展和学科建设。目标定位是以 中医药标准化 为核心，以 中医药文化传承 为平台，以 临床评价与再评价 和 转化医学 为方法手段，努力做好临床医学基础、中医诊断学、中医心理学、养生保健学、中医预防医学等学科建设，推动中医临床研究与基础医学研究的相互转化和利用。
主要工作内容包括：从事中医药临床基础技术标准研究，中医诊疗规范研究，中医临床评价研究，中医临床药理研究，中药疗效评价研究，中医预防康复医学基础研究，中医药临床医学基础研究，中医药临床医学研究及相关咨询，博士后培养等相关学术交流与培训。现为国家中医药管理局中医药标准化工作办公室挂靠单位、ISO/TC249国内技术对口单位、中国标准化协会中医药分会挂靠单位、世界中医药联合会上市后中药再评价专业委员会、中国中医药信息研究会临床研究分会挂靠单位，中国中医药循证医学中心挂靠单位并承担国家中医药管理局国际合作专项办公室的管理工作。设有中医学和中西医结合专业的博士研究生、硕士研究生培养点和博士后流动站。
