北京大学历史学系的前身为1899年京师大学堂设立的史学堂，1902年改设中国史学门和万国史学门，1919年更名为史学系。1952年院系调整时，清华大学、燕京大学等校史学科汇入，更名历史学系，下设中国史、世界史、考古学三个专业。1983年，考古学专业分出单独建系。现下设中国古代史教研室、中国近现代史教研室、世界古代史教研室、欧美近现代史教研室、亚非拉近现代史教研室五个实体教研室，并设有教育部人文社会科学重点研究基地中国古代史研究中心，以及实体研究机构西方古典学研究中心。

北京大学历史学系的学术实力在全国高校历史学院系中长期居于领先地位。在2016年全国一级学科评审中，中国史学科获评A，世界史学科获评A 。2017年，中国史、世界史两个学科同时入选教育部的 一流学科 建设名单。在未来一段时期内，北京大学历史学系将以上述传统优势为前提，注意整合力量，努力发扬勤奋严谨的传统学风，明确学术标准，树立竞争意识，创造良好的学术氛围，鼓励和保护学术创新，产生一批具有重要影响的高水平学术成果，并且持续为国家培养能引领未来的高级专业人才，以及有历史责任感与使命感的社会栋梁。