上海交通大学海洋学院由上海交通大学和自然资源部第二海洋研究所合作共建，是百年交大最年轻的学院。

2013年7月25日，在国家发展海洋强国战略的关键时期，上海交通大学成立海洋研究院，这标志着上海交通大学大海洋发展进入一个崭新阶段。海洋研究院以认知海洋、资源环境保护和利用、全球变化治理及海洋安全等为目标，组建了物理海洋、化学海洋、深海生物、海洋生态和海洋技术等多个研究团队。海洋研究院组织跨学科研究团队对海洋奥秘开展全面探索，致力于开展海洋综合过程观测、全球气候变化、深海生命过程、潜水器、水下观测技术及智慧海洋环境观测系统等领域的研究。五年来，海洋研究院承担了国家自然科学基金重点项目、重大科研仪器项目、面上项目、国际合作研究项目、科技部 973 计划、 863 计划、重点研发计划等项目，科研经费总量在学校直属研究单位中连年名列前茅。

为进一步加快上海交通大学大海洋建设，解决全球气候变化和人类可持续性发展难题，支持国家海洋强国战略，2018年8月26日，上海交通大学和自然资源部第二海洋研究所以 共建共享、实质合作、强化特色、融合发展 为原则，探索合作体制机制，签署双方共建协议。由此，上海交通大学与自然资源部第二海洋研究所走上共同合作之路。

2018年10月29日，上海交通大学和自然资源部第二海洋研究所积极探索新型科教融合发展之路，发挥一流高校与一流科研机构的人才培养与科学研究优势，宣布合作共建上海交通大学海洋学院。海洋研究院前期的快速发展为海洋学院建设奠定良好基础，自然资源部第二海洋研究所作为中国海洋科学研究和服务国家重大战略需求的主力军之一，为海洋学院建设和科教深度融合提供了重要支撑。

海洋学院现有在职员工60余人，其中专任教师49人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人、美国科学院院士1人、国家自然科学基金杰出青年2人、国家 万人计划 科技创新领军人才3人、国家自然科学基金优秀青年基金获得者1人、国家 万人计划 青年拔尖人才1人，95%以上的教师具有长期海外留学、访学或工作经历。国际一流的师资队伍为培养一流的本科生打下了坚实基础。

海洋学院于2018年和2019年分别获批一级海洋学科硕士点和博士点，2019年开始招收首届本科生。