云南大学国际河流与生态安全研究院（原云南大学自然科学研究院）源于2000年10月由何大明研究员创立的云南大学亚洲国际河流中心，经过其带领的科研团队十余年的辛勤耕耘逐步发展壮大，并于2012 年6月在云南大学喜庆九十华诞之际正式成立。

研究院以建设国家级重点学科和创新团队为主旨、承担国家及省部级重大/重点科研项目为主体、推进知识和科技创新的研究型学院为发展方向，设置三个总体建设目标：建设面向全校的共享科学研究平台和研究生创新平台，促进学校的资源优化和科技创新；凝练国家创新团队，推进大学科建设和交叉，增强学校在国家和国际上的竞争力；承担国家及省部级重大/重点科研项目，提高学校对社会经济发展和生态建设重大目标需求的贡献。

[研究方向] 云南大学国际河流与生态安全研究院是我国最早专门从事国际河流与跨境生态安全研究的学术型机构。研究院面向我国西南高原山地生态与环境，以我国西南及东南亚和南亚的国际河流为核心，重点开展高原山地环境与流域地表过程、季风交汇与流域水文循环、国际河流水域生态与河流健康、跨境水资源利用与管理机制、地缘合作与跨境生态安全等研究，形成特色研究方向。