农业资源与环境研究所成立于2002年4月，由原土壤肥料研究所与农业现代化研究所合并而成。为强化学科建设、优化科研力量布局，构建有利于重大成果产出的现代科研院所管理体系，2017年，根据全院机构设计的调整布局，部分研究室调出成立了循环农业研究中心，新组建的盐土农业研究中心挂靠我所运行。现农业资源与环境研究所下设综合办公室1个、研究室7个、公共实验室（资源与环境测试中心）和科技服务部各1个，研究领域涵盖土壤肥力与耕地保育、土壤环境与污染修复、植物营养与生物资源利用、作物栽培与绿色生产、农业生态与面源污染治理、水体环境与水生态修复、农业水土工程等。全所建有3个研究平台，包括农业农村部长江下游平原农业环境重点实验室、农业农村部江苏耕地保育科学观测实验站各1个和江苏省农业科学院农业面源污染防控工程实验室1个。