中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城(现上海自贸区临港新片区)。2019年学校成功举行110年校庆系列活动。

上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等7个学科门类的多科性大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。

学校设有3个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程、管理科学与工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），17个二级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，63个二级学科硕士学位授权点，13个专业学位授权类别，49个本科专业。拥有16个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学科进入ESI全球前1%,港航物流学科保持全球领先。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，13个国家级一流本科专业建设点，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有4.8万吨散货教学实习船 育明 轮。