中国科学院海洋环流与波动重点实验室成立于2006年4月，依托中国科学院海洋研究所。本重点实验室其前身为物理海洋学研究室（1957－2000）和海洋环流与海气相互作用研究实验室（1989-2000）合并而成的中国科学院海洋环流与波动开放研究实验室。实验室研究实力雄厚、学科建设完善、仪器设备先进，在国内外均有重要影响。海洋环流与波动一直是中国科学院海洋研究所的一个优势学科，具有60多年的发展历史，为我国物理海洋科学诸多方面，特别是海洋环流的发展做出了开创性的贡献。
实验室现有固定研究人员56人，其中，中国科学院院士2人，研究员16人，实验室主任尹宝树研究员，学术委员会主任黄荣辉院士。面向国家战略需求和科学发展前沿，围绕中国科学院 创新2020 和中国科学院海洋研究所 一三五 重大突破目标，本实验室重点开展海洋环流动力学过程及其气候环境效应、海洋波动及其相关动力过程、海洋系统模拟、预测和遥感探测等研究，力争取得突破性的学术成果，为建设成国际一流的海洋环流与波动研究中心之一而努力。
