学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。学校2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校，2016年成为 高等学校学科创新引智计划 （ 111计划 ）首批立项的地方高校之一。
学校现有中国工程院院士（外聘）、国家 万人计划 专家、 973 首席科学家、百千万人才工程国家级人选， 国家杰出青年科学基金 获得者、 国家优秀青年科学基金 获得者、国家有突出贡献的中青年专家、 长江学者奖励计划 、全国名中医等国家级高层次人才近50人、省级人才400余人。学校现有国家级、省部级研究平台44个，直属附属医院9所，附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续8年入选 中国最佳医院排行榜 百强（复旦大学医院管理研究所发布）。
