山东大学环境研究院组建于2003年11月，是学校直属的科研与研究生培养的独立单位。由我国著名环境科学专家、中国工程院院士王文兴教授创建。

学科建设一直是环境研究院的工作重点之一。现设有环境科学与工程一级学科博士学位授权点，拥有环境科学、环境工程两个二级学科专业和资源与环境学科领域。主要研究方向有：环境工程、环境毒理、环境生物和环境生态、环境遥感。

人才是研究院的第一资源，研究院非常重视优秀人才的引进与培养，不但引进国内外知名学者，还努力培养自己的学术带头人。为了加大人才培养力度，研究院经常有计划、有重点地选拔青年学术带头人和优秀青年骨干教师出国出境学习与深造。研究院现有教职工36人，其中教授15人、副教授11人、讲师和助理研究员3人。教学科研人员中有院士2名、泰山学者特聘专家1名、海外高层次青年人才1名、国家优秀青年基金获得者1名、泰山学者青年专家2名、省杰出青年基金获得者3名、教育部新世纪优秀人才2名、 齐鲁青年学者 3名等。现有研究生151人，博士研究生48人，硕士研究生103人。

环境研究院的实验室建设也是本着严要求、高起点的思路运作。实验室现拥有化学电离质谱、质子转移反应-飞行时间质谱、大气压进样飞行时间质谱、低温基质隔离-傅里叶红外光谱、傅里叶变换表面红外光谱、GC-FID/MS在线挥发性有机物分析系统、在线水溶性离子与酸碱性气体分析系统、在线双炉有机碳分析仪、宽范围气溶胶粒谱仪、光声气溶胶消光仪、高效液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、离子色谱仪、雾滴谱仪、长光程吸收光谱仪、光化学通量辐射光谱仪等先进大型仪器50余台。研究院承担了多项国家级和省部级科研项目，其中包括：国家重点研发计划课题/子课题、国家自然科学基金重点项目/国际合作项目/优秀青年基金/面上项目/青年基金、新世纪优秀人才支持计划、中国工程院咨询项目、山东省自然科学基金杰出青年基金/优秀青年基金/面上项目/青年基金等。在Chemical Reviews、Science Advances、PNAS等顶级期刊发表论文多篇。张庆竹教授获得俄罗斯Petryanov Gold Medal奖。

环境研究院注重加强对外合作，包括研究生的联合培养、教师的进修、科研项目合作等。与美国哈佛大学、北卡罗莱纳大学、法国国家科研中心、香港理工大学等著名学府都有着良好的学术交流、项目合作的关系；与中国环境科学研究院、中科院生态环境研究中心、中科院大气物理所、北京大学、清华大学、复旦大学、南京大学等单位也都建立了良好的合作关系。